Los orígenes de la Facultad de Ciencias se remontan a 1947, cuando entonces Facultad de Ciencias Físicas y Matemática (ahora Facultad de Ingeniería), se creó el Departamento de Ciencias Naturales con el propósito de formar profesionales en biología, física, matemática y química.

Pronto el Departamento se transformó en Escuela de Ciencias, que es incorporada posteriormente a la Facultad de Farmacia, hasta que en 1958 se convierte en la Facultad de Ciencias con tres Escuelas: Biología, Física y Matemática, y Química. La fundación de la Facultad se produjo bajo la gestión del Rector Francisco De Venanzi y su primer Decano fue el Profesor Francisco Texera. A estas cuatro disciplinas iniciales se agregaron luego las de Computación (1968) y Geoquímica (1996).

La investigación científica básica y aplicada fue la base fundamental sobre la cual descansaron sus estudios desde su fundación. No se concibe la docencia en ciencias sin una actividad de investigación que le dé sustento. Pronto las necesidades del país y los requerimientos de la ciencia moderna, demandaron la creación de unidades de investigación cada vez más complejas e interactivas, algunas de las cuales se encuentran ubicadas dentro de las Escuelas y otras se han nucleado en Institutos y Centros de Investigación.

Actualmente conforman la Facultad de Ciencias de la Universidad Central de Venezuela las escuelas de Biología, Computación, Física, Matemática y Química.